确诊脑炎还需要行体格检查、实验室检查、影像学检查等。神经系统检查出现与脑实质受损相对应的各种脑病的表现，头痛、精神症状、肢体肌力下降、肌张力改变、脑膜刺激征、病理反射阳性。实验室检查病毒感染的免疫学检查：用酶联免疫吸附测定法或聚合酶链式反应方法检测血及脑脊液中病毒。为诊断提供依据。脑脊液检查：可以进行抗酸染色（结核感染）、墨汁染色（隐球菌）等，或是进行二代测序。影像学检查脑CT或MRI检查：一般为受累及的部位肿胀、出血改变，多有结节样或环形强化。