当囊肿位于组织深处较小而又未引起别处功能障碍时，很难被发现，常常是在做X线检查等检查时偶然发现，或是出现颌骨膨大，引起患者注意而被发现。始基囊肿和含牙囊肿可伴缺牙和多余牙，患者可因此就诊而被发现囊肿。