颌骨囊肿可分为牙源性和非牙源性两大类，包括根端囊肿、始基囊肿、含牙囊肿、血外渗性囊肿等。根端囊肿主要是由于根尖肉芽肿、慢性炎症的刺激，引起牙周膜内的上皮残余增生，增生的上皮团中央发生变性、液化，周围组织不断渗出，逐渐形成囊肿。有时根尖周肉芽肿在拔牙后未做适当处理，仍残留在颌骨内，成为残余囊肿。始基囊肿、含牙囊肿以及某些非牙源性颌骨囊肿主要是由于发育过程中的异常所致，例如非牙源性颌骨囊肿主要是由胚胎发育过程中残留的上皮发育而来；始基囊肿主要是由于成釉器发育的早期阶段，在牙釉质和牙本质形成之前，由于炎症和损伤刺激后成釉器的星网状层发生变性，并有液体渗出，蓄积其中而形成；含牙囊肿主要是在牙冠或者牙根形成以后，缩余釉上皮与牙冠之后出现液体渗出形成。血外渗性囊肿主要为损伤后引起骨髓内出血，机化、渗出后形成，与牙体组织本身无关。