本病主要通过药物和手术治疗，来控制炎症，修补瘘口。药物治疗药物治疗是治疗本病的必经过程，无论是否进行手术治疗，应先进行药物治疗3～6个月，来控制局部炎症等，有少量的患者会在此期间自愈。用高锰酸钾溶液坐浴，或使用生理盐水冲洗，保持外阴部清洁，可以防止反复感染。使用抗菌药物治疗，可以控制局部炎症。手术治疗大部分患者需要进行手术治疗。手术方式的选择要根据瘘口的大小、位置、病因以及是否为复发性瘘进行选择。常用术式有：瘘管切除分层缝合术。直肠移动瓣修补术。骶骨会阴手术。