本病的病因很多，如：先天性直肠阴道瘘。分娩伤，直肠阴道瘘的发生与自然分娩时会阴撕裂、直肠撕裂、侧切、缝合不当等关系密切。妇科手术损伤，如经腹或经阴道盆腔妇科手术。肠道疾病也可引起本病，如肛周脓肿、肛瘘。癌肿侵蚀或放射治疗后，晚期内生殖器、盆腔内恶性肿瘤发生局部浸润转移，也可导致直肠阴道瘘。其他穿入或闭合性损伤，如骑跨伤。