确诊自身免疫性疾病需要进行体格检查、血常规、抗体检查等。体格检查体征因抗原种类的不同而不同。血常规部分病人有中度贫血和白细胞计数减少。抗体检查血清中可检出较高浓度的自身抗体。其中一些抗体是疾病的特征性标志物。其他检查根据不同的疾病，进行其他实验室检查、影像学检查等。