自身免疫性疾病可发生于某一器官，也可发生于全身各处。器官特异性自身免疫病甲状腺功能亢进症：食欲亢进、体重减轻、易激动、心悸、甲状腺肿大等。重症肌无力：部分或全身骨骼肌群出现易疲劳性的肌无力症状，上睑下垂、双眼复视等。恶性贫血伴慢性萎缩性胃炎：皮肤黏膜苍白、乏力、上腹部疼痛、腹胀等。其他：如慢性淋巴细胞性甲状腺炎、胰岛素依赖型糖尿病、肺出血肾炎综合征等。系统性自身免疫病发热。面部红斑。关节痛。脱发。口腔溃疡。皮肤增厚变硬。皮肤表层大疱性病变。肌肉萎缩。肺、胃肠道、心脏、肾脏等系统损害症状。