有典型临床表现，并且符合结肠镜或影像学检查中一项，可以初步诊断，若有病理学特征性改变，可以确诊。但内镜诊断中由于肠黏膜组织活检受到取材广度和深度的限制，病理诊断确有很大困难，因此诊断有时需要建立在排除诊断的基础上。典型临床表现患者具有持续或反复发作腹泻和黏液脓血便、腹痛、里急后重，伴或不伴不同程度全身症状。结肠镜检查溃疡性结肠炎表现为从直肠开始，弥漫性黏膜充血水肿，质脆、自发或接触出血和脓性分泌物附着，常见黏膜粗糙、呈细颗粒状，黏膜血管纹理模糊、紊乱，多发性糜烂或溃疡；慢性病变见假性息肉，结肠袋变钝或消失。克罗恩病早期表现表面阿弗他溃疡，随着疾病发展，溃疡变深变大，成纵形和匍匐形溃疡，炎症黏膜非对称性分布，周围鹅卵石样增生，肠腔狭窄，偶见瘘口等改变，病变为节段性，从食管至肛门均可累及，但在回结肠部位多见。影像学检查结肠钡剂灌肠可显示溃疡性结肠炎者结肠黏膜粗乱和（或）颗粒样改变；肠管边缘呈锯齿状阴影，肠壁有多发性小充盈缺损；肠管短缩，袋囊消失呈铅管样。病理组织学检查溃疡性结肠炎病理表现为上皮细胞坏死，固有层急性炎症细胞浸润，隐窝炎，隐窝脓肿，隐窝结构改变，杯状细胞减少，浅溃疡形成和肉芽组织增生。慢性病变则表现为淋巴细胞的浸润和隐窝结构变形紊乱，腺上皮和黏膜肌层间隙增宽、潘氏细胞化生。克罗恩病改变包括裂隙状溃疡和阿弗他溃疡、固有膜炎症细胞浸润，黏膜下层增宽、淋巴细胞聚集，隐窝炎，隐窝脓肿，隐窝结构扭曲、分支和缩短。手术切除的肠段可见穿透性肠壁炎症，纤维化以及系膜脂肪包绕，局部淋巴结有肉芽肿形成。非干酪样肉芽肿是诊断克罗恩病的标准之一，活检标本中发现率约15％和手术标本多达70％左右。