诊断炎症性肠病时，大多需要医生触诊、血液检查、粪便检查及自身抗体检查等了解疾病情况；并结合结肠镜检查、影像学检查、组织病理学检查来确诊。血液检查通过血红蛋白计数和白细胞计数可以明确患者是否有贫血及感染。血沉和C-反应蛋白可以提示疾病的活动分期情况。粪便检查粪便常规检查通过检测粪便有形成分及脱落细胞数量，用以明确肠道出血及炎症情况，粪便病原学检查还有助于排除感染性结肠炎，可作为炎症性肠病的辅助诊断。自身抗体检查血中外周型抗中性粒细胞胞质抗体和抗酿酒酵母抗体是本病的特异抗体，阳性结果有助于医生的鉴别诊断。结肠镜检查对腹泻、便血、腹痛等症状疑诊炎症性肠病者，结肠镜检查对本病诊断有重要价值，但在急性期重型患者应暂缓进行，以防穿孔。X线钡剂灌肠检查结肠镜检查比X线钡剂灌肠检查准确，有条件宜行结肠镜全结肠检查，检查有困难时辅以钡剂灌肠。重型病例不宜作钡剂灌肠和结肠镜，以免加重病情或诱发中毒性巨结肠。组织病理学检查在结肠镜检查无法鉴别或者难以定性诊断时，可以取部分病变组织做病理学检查，如果发现特征性病理改变，则可以确诊。当其他检查结果明确时，则不宜做此项检查检查，以免刺激肠道加重病情。