医生诊断小儿消化不良，主要依据病史、临床表现及辅助检查，排除脏器器质性疾病后方可诊断。患儿持续或反复发作的上腹部（脐上）疼痛或不适、早饱、嗳气、恶心、呕吐、反酸。症状在排便后不能缓解，或症状发作与排便频率或粪便性状的改变无关（即除外肠易激综合征）。无炎症性、解剖学、代谢性或肿瘤性疾病的证据可以解释患儿的症状。