对于小儿贫血的治疗主要针对病因，依靠药物治疗、手术治疗及其他治疗。药物治疗补充铁剂、维生素B₁₂和叶酸等。手术治疗遗传性球形红细胞增多症可行脾切除术。其他治疗遗传性红细胞酶异常时可输血、补充新鲜红细胞。珠蛋白生成障碍性贫血可行造血干细胞移植。自身免疫性溶血性贫血时可予激素及大剂量丙种球蛋白治疗。输血治疗贫血引起心功能不全时，输红细胞是必要的抢救措施。