慢性细菌性前列腺炎需要与良性前列腺增生，睾丸附睾和精索疾病，膀胱过度活动症，间质性膀胱炎，神经源性膀胱尿道功能障碍，性传播疾病，膀胱肿瘤，前列腺癌，泌尿生殖系统结核，腰椎疾病，中枢和外周神经病变，肛门直肠疾病等进行鉴别。急性细菌性前列腺炎需要与良性前列腺增生合并感染，急性睾丸炎和急性附睾炎，神经源性膀胱，腺性膀胱炎，性传播疾病，肛门直肠疾病等相鉴别。