小儿心内膜弹力纤维增生症的病因目前病因不明，可能的危险因素如下。感染病毒胎儿期或出生后感染柯萨奇B组病毒、腮腺炎病毒等。宫内缺氧导致心内膜发育障碍遗传因素少数病例呈家族性发病，认为是常染色体遗传或X连锁遗传。遗传代谢性缺陷有报告心型糖原累积病、黏多糖病及肉毒碱缺乏的患儿发生过本病。继发于血液动力学改变心室高度扩大时，心室壁承受之应力增加，血液动力学的影响使心内膜弹力纤维增生，认为心内膜弹力纤维增生为非特异性的改变。免疫因素国外报道心内膜弹力纤维增生症与自身免疫相关。