下咽癌的确切病因尚不明确。可能与下列因素有关：研究显示烟草、乙醇的应用及维生素、微量元素的缺乏为两者的共同致病因素，并且下咽癌的发生与烟酒过量有明显关系。其他：如牙功能障碍及暴露于职业性致癌因素下等也与下咽癌的发生有关。在北欧地区的一些患缺铁性贫血的妇女发现下咽部黏膜的变化，称为Plummer-Vinson或Paterson-Kelly综合征。这些妇女常易发生环后区鳞癌，但国内尚未见类似报道。亚硝胺、真菌、不良饮食习惯及遗传易患性等多种因素则可能为导致下咽癌发生的主要原因。