治疗慢性咽炎主要是针对病因进行治疗，减少对咽喉部的刺激，提倡锻炼身体，增强身体免疫力。辅以药物治疗，必要时还可以使用物理治疗。去除病因戒烟戒酒，少吃辛辣刺激的食物，避免刺激咽部。保持口腔清洁，定时刷牙、漱口。积极治疗引起慢性咽炎的原发病，如急性咽炎、鼻和鼻咽部的慢性炎症、反流性食管炎等。药物治疗慢性单纯性咽喉炎可能用到的药物有复方硼砂溶液、呋喃西林溶液等，用这些药物漱口，可以保持口腔、口咽的清洁。可以含服碘喉片、薄荷喉片等，缓解咽部干痒。还可以用复方碘甘油、5%硝酸银溶液或10%弱蛋白银溶液涂抹咽部，有消炎退肿的作用。慢性肥厚性咽炎与慢性单纯性咽喉炎的用药方法基本一致。可用20%的硝酸银溶液或铬酸漱口，以缩小肥大的组织。慢性变应性咽炎一般会使用抗组胺药及白三烯受体拮抗剂（孟鲁司特）等，以抑制过敏（变应）反应。局部应用糖皮质激素，可以有效抑制过敏反应。物理治疗因效果不佳或副作用明显等原因，近年来物理治疗方法的应用有越来越少的趋势。