软骨肉瘤的组织学分级和病程、预后相关。Ⅰ级：总是有分化良好的软骨，核大小不等，大多保持圆形、轻度增大，可有双核细胞，同软骨瘤相比有较多的细胞数。Ⅱ级：核大、深染，双核细胞多见，异型性较明显，偶见有丝分裂相。Ⅲ级：几乎总是有分化好的软骨，软骨小叶的边缘颜色深染，软骨细胞呈明显异型性，有多核细胞，可见到核分裂象。