囊性肾病主要依靠手术治疗。此外还有一些其他治疗方法。手术治疗常用的手术方式分为以下两种：腹腔镜肾囊肿去顶减压术适用于体积较大的单纯性肾囊肿和伴有症状的多囊肾。具有创伤小、痛苦少、术后恢复快、遗留瘢痕小等优点。开腹肾囊肿取经减压术对于没有腹腔镜设备的医院或较为复杂的病情，也可以行开腹肾囊肿去顶减压术。其他治疗还有一些治疗方法，主要是对症治疗和针对并发症的治疗。这些方法有：抗高血压治疗抗感染治疗合并尿路结石的治疗血液透析治疗，适用于肾功能不全，进展到中末期者。