男性生殖器畸形目前主要根据畸形的类型做针对性治疗。隐匿性阴茎：常因肥胖导致阴茎发育异常，治疗方法是进行综合性减肥治疗，必要时可实施阴茎成形术并辅以内分泌治疗。睾丸畸形：主要是隐睾，其治疗方法主要有激素治疗和手术治疗。包皮过长或包茎：主要通过包皮环切术治疗。阴囊畸形：视情况选择不同的整形手术。阴茎弯曲畸形：切除影响阴茎伸直组织在内的阴茎整形术。蹼状阴茎畸形：根据具体情况选择阴茎成形术或尿道下裂修补术进行治疗。大阴茎畸形：一般是采用部分切除阴茎海绵体的缩小手术。双阴茎畸形：可保留较粗壮的一侧而将另一侧切除。小阴茎畸形：解除患者的排尿困难，应尽早实施尿道整形术，结合雄性激素治疗，必要时可进行小阴茎增大整形术或改变性别的手术。先天性无阴茎畸形：最好的治疗方法是转归为女性，其手术包括睾丸切除及外阴成形等。