早期肝囊肿较小者不需要治疗，过大者可开窗置管引流。非手术治疗大部分肝囊肿患者无明显症状，不需要做特别的治疗和处理。继发感染的肝囊肿选择合适抗生素，积极抗感染治疗。手术治疗肝部分切除术适合囊肿并发感染、出血者，或者怀疑囊肿恶变倾向者。囊肿开窗术适用于比较巨大的孤立囊肿。吸尽囊液后应当毁损肝表面的囊壁，避免复发。