需要做的检查有体格检查（主要包括视诊和触诊）、直肠指检、探针探查、CT、磁共振等。体格检查视诊—“看”医生会观察你的肛门部，看你的肛门周围有没有瘘口、红肿、流脓。肛周触诊—“摸”触摸肛周皮肤是否有硬结；有瘘口时，医生还会挤压瘘口周围的皮肤，以观察瘘口是否有分泌物排出。直肠指检医生会用一只手轻压肛门口，用另一只手的手指缓慢插入肛门，可以初步了解内口的位置，有利于诊断。检查时需暴露肛门部，而且会有不适感，要做好心理准备，配合医生检查。磁共振（MRI）磁共振是目前诊断肛瘘最为理想的方法之一。磁共振可以观察肛门内瘘管的走向、位置及数目，能更好地确定肛瘘的类型；还可以为手术做准备，提高手术成功率。肛镜检查医生会用一只手轻压肛门口，用另一只手将肛门镜缓慢插入肛门，可以观察直肠内有无病变、寻找内口的位置。其他检查探针检查、注入亚甲蓝溶液检查、瘘管造影术、经肛门腔内超声检査等都是为了找到内口的位置，为手术做准备。