继发性肾脏疾病的病因非常复杂，与各系统疾病有关。不同系统性疾病导致肾损害者均可引起继发性肾脏疾病。可引起继发性肾脏疾病的各系统性疾病如下：自身免疫病及结缔组织疾病如系统性红斑狼疮、原发性系统性小血管炎、过敏性紫癜、硬皮病、原发性干燥综合征和抗肾小球基膜病等。代谢性疾病如糖尿病、高尿酸血症和肥胖等。感染性疾病如乙型病毒性肝炎、丙型病毒性肝炎、获得性免疫缺陷综合征和流行性出血热等。恶性肿瘤如白血病、多发性骨髓瘤、实体瘤及其治疗相关。副蛋白血症如淀粉样变性、冷球蛋白血症、轻链沉积病和瓦氏巨球蛋白血症等。其他疾病如血栓性微血管病、抗磷脂综合征等。药物氨基糖苷类抗生素如庆大霉素，非甾体抗炎药如布洛芬、吲哚美辛，以及某些中药。