功能性胃肠病的治疗方法有心理治疗、药物治疗。心理治疗心理治疗可明显减少患者的焦虑、抑郁等情绪，改善胃肠道症状。但心理治疗治疗时间长，且花费高。药物治疗于有明显精神或情绪抑郁和焦虑的患者，可使用抗抑郁和抗焦虑药，如选择性5-羟色胺再摄取抑制剂，能有效缓解症状，部分患者症状可消失。