肛管癌的发生是遗传因素、慢性炎症刺激、免疫状态和病毒感染等多因素作用的结果。遗传因素可能与11号染色体长臂（11q22）或3号染色体短臂（3p22）突变有关。慢性炎症刺激慢性肛瘘和炎症性肠病的肛门部癌发病率明显升高。吸烟男、女吸烟者发生肛管癌的危险性增加。病毒感染免疫缺陷患者中，人乳头瘤病毒感染患者的肛管和肛门部癌的发生率增加，肛门部尖锐湿疣、男性同性恋者与肛管癌密切相关。