原发性胆总管结石可以原发于胆总管，也可以与肝内胆管结石同时发生，有时也可能由肝内胆管下降。其病因和形成机制尚未完全明了，有研究结果认为这种结石的生成与胆道感染、胆汁淤滞、胆道寄生虫病有密切关系。继发性胆总管结石原发于胆囊，在胆囊结石病发生发展的过程中的细小结石，通过胆囊管降入胆总管或胆囊管，管径较为粗大，较大的结石也可先后进入胆总管。