钡剂造影、实验室检查、纤维结肠镜辅助检查及镜下取病理活检多可确诊该病。钡剂造影及CT、磁共振成像、小肠造影钡剂于病变肠段呈现激惹征象，发现跳跃征、溃疡、肠管变形和肠腔狭窄等征象。肠镜可见肠道溃疡及增生性病变。实验室检查也可以协助诊断。如白细胞计数无明显变化，而血沉加快，可作为评估结核病活动程度的指标之一；粪便多为糊样，一般无肉眼黏液和脓血，隐血试验阳性；结核菌素（PPD）试验或γ-干扰素释放试验（国内常用的为T-Spot TB试验）阳性有助本病诊断。病理活检能发现干酪性肉芽肿则具有确诊意义。