结核病的发病是人体和结核分枝杆菌相互作用的结果。当侵入的结核分枝杆菌数量较多、毒力较大，在人体免疫功能低下、肠功能紊乱引起局部抵抗力削弱时，才会致病。结核分枝杆菌侵犯肠道主要是经口感染，也可由粟粒性结核血行播散引起，或由腹腔内结核病灶如女性生殖器结核直接蔓延引起。少见情况下，肠结核也可是结核的原发感染。牛型结核分枝杆菌肠结核常因饮用未经消毒的带菌牛奶或乳制品而发生。患者本身带菌，可因吞咽自身痰液引起。