膀胱外翻的病因目前尚不十分明确，可能与胚胎发育期受某些因素影响，或因遗传因素等引起胚胎期泄殖腔膜发育异常，阻碍了间充质组织的移行和下腹壁的正常发育，产生膀胱外翻、尿道上裂等一系列畸形。