藏毛囊肿的治疗主要是手术治疗。手术治疗对于急性期脓肿形成者，需采取手术切开引流，低于三分之一的患者可以一期愈合。对于切开引流后1～2个月仍不愈合及反复发作者，需采取根治性手术治疗，彻底完整切除病变组织是手术成功的关键。对于手术治疗后和反复发作者，可采取激光脱毛治疗，可有效降低藏毛囊肿的复发率。