结合症状、体格检查、组织病理学检查，医生可以确诊藏毛囊肿。患者可无明显症状，继发感染时出现主要症状：骶尾部皮肤脓肿，表现为局部皮肤红、肿、热、痛。体格检查示骶尾部中线处皮肤上发现小陷窝，在其开口处常有小束毛发，压迫时有炎性分泌物流出。囊肿组织病理学检查示囊肿位于真皮或皮下组织，囊壁为表皮，囊壁内有毛干，囊肿周围可见淋巴、组织细胞及中性粒细胞混合炎症细胞浸润，可见异物巨细胞和肉芽组织。