藏毛囊肿的病因尚不明确，可能与先天性因素和后天性因素有关。先天性因素骶管或骶尾缝发育畸形，引起皮肤包涵物残留，形成慢性囊肿。后天性因素激素刺激皮脂腺过度分泌。脱落的毛发穿透入皮肤内。衣服纤维等刺激。骶尾部皮肤长期受颠簸而引起慢性损伤，如汽车司机。骶尾部皮肤感染。