扁平苔藓病因至今尚无定论，有自身免疫（主要为细胞免疫）、感染（丙型肝炎病毒）、神经精神因素、细胞因子的作用、家族遗传等学说。药物因素、内分泌异常、慢性病灶等因素也可诱发本病。有人发现扁平苔藓患者的皮肤内葡萄糖-6-磷酸脱氢酶（G-6-PD）结构上可能有异常，但无定论。另外皮疹中的呼吸酶与辅酶有活性改变，这些异常是否为扁平苔藓的病因，尚未确定。