甲状腺功能减退症主要依靠药物治疗控制病情。通过口服补充甲状腺激素，大部分患者的甲状腺功能都可恢复正常水平。甲状腺激素药物包括：左甲状腺素：是人工合成的甲状腺激素。干甲状腺片：由动物的甲状腺制成，但疗效不如左甲状腺素稳定，现在较少使用。中、晚期重型患者，除口服左旋甲状腺素外，还需对症治疗，如给氧、输液、控制感染、控制心力衰竭等。