一些恶性疾病(白血病、淋巴瘤及其他实体瘤)、感染 (病毒、细菌和寄生虫)和风湿性疾病等在多数情况下也会出现噬血细胞综合征的临床现象。此外，有些疾病在其临床病程中偶可发展成为噬血细胞综合征，如X一连锁淋巴细胞增殖综合征 (XLP)，切一东综合征(白细胞颗粒异常综合征)，2型 Griscelli综合征。鉴别诊断还包括朗格汉斯细胞组织细胞增生症(也可并发于噬血细胞综合征)、赖氨酸尿性蛋白耐受不良、重度联合免疫缺陷症、DiGeorge综合征、Omenn’s综合征等继发性红细胞增多症及其他骨髓增殖性疾病。出现类似的症状，应及时到医院就诊，由医生作出明确诊断。