口腔扁平苔藓的病因和发病机制目前尚不明确。临床和基础研究结果显示，可能与多种致病因素有关，如免疫因素、精神因素、内分泌因素、感染性疾病以及口腔局部刺激因素等。其中，T细胞介导的局部免疫反应在OLP的发生发展中具有重要作用。免疫因素是口腔扁平苔藓发生发展过程中较为主要的因素。大量研究证实，口腔扁平苔藓是免疫细胞介导的免疫损伤过程，与机体自身免疫功能有关，各种致病因素导致自身细胞对自身细胞的攻击，破坏黏膜表面。心理压力因素患者常有心理创伤史，疲劳、焦虑、紧张等会引发该病。内分泌因素临床上发现女性患者在妊娠期间病情会有所缓解，哺乳后月经恢复时，病情又会复发，这可能与妊娠期血浆中雌二醇水平增高有关。感染因素病毒感染可能是致病原因之一， Lipschutz曾发现病损内有包涵体存在，并认为是病毒感染的证据。但有些学者在实验中未得到任何病毒感染的证据。国内有学者提出OLP发病与幽门螺杆菌(HP)感染有关，并有抗HP治疗后有效的报道。但因HP在人群中感染较广泛，亚型也较多，尚需进一步观察。有学者用PCR法检测发现OLP患者外周血中丙型肝炎RNA较对照组显著增高，其与OLP的关系尚需进一步观察。遗传因素曾在一个家庭中发现有数人发病；有些患者有家族史。有的学者发现OLP的HLA抗原的A3、B5、B8位点有异常，顺度增高，但也有学者持相反意见。近来国内有学者报告，OLP患者与HLA-DR密切相关。其他因素内分泌失调、微量元素缺乏以及某些全身疾病（糖尿病、感染、高血压、消化道功能紊乱）等也与该病的发生有关。