本病的治疗方法有一般治疗和药物治疗，治疗可以缓解症状，改善肺功能。除了治疗本病之外，还需要积极治疗原有疾病。一般治疗卧床休息，增加营养。有呼吸困难时需要吸氧。应减少免疫抑制剂的应用，或者直接停用。药物治疗首选的药物是复方磺胺甲噁唑，可以有效控制病原菌，但本药的不良反应比较严重，主要有恶心、呕吐、肝肾功能损伤等。应用糖皮质激素，如泼尼松，可以抑制炎症反应，降低病死率。其他药物，如喷他脒依西酸盐、氨苯砜、阿托伐醌、三甲曲沙、克林霉素、伯氨喹、卡泊芬净等，对肺孢子菌肺炎也有一定的疗效。