胸部X线检查是首选的检查方法，结合病原学检查、支气管镜和病理学检查等可以确诊本病。胸部X线可以间接观察到肺组织的形态，了解肺组织有无病变以及病变的严重程度等，为诊断本病提供依据。病原学检查通过采集痰标本，检查痰液中是否有肺孢子菌，有利于确诊疾病。支气管镜和肺活检经病原学检查难以确诊者，可能需要做支气管镜和病理学检查。支气管镜可以直接观察气管和支气管的病变，并根据病变进行相应的治疗。在进行支气管镜检查的同时，可以取少量的肺部组织进行活检，目的是查看是否有肺孢子菌感染，以确诊肺孢子菌肺炎。其他检查还可能做血常规、血生化等检查，有利于诊断或排除其他疾病。