扁桃体结石主要采取药物治疗和手术治疗，也可采用一些其他治疗方法。药物治疗若因结石刺激引起周围炎症可以用消炎药物局部治疗。也可将药物直接贴于下颌部与扁桃体相对应处，以达到清热解毒，消肿散结的目的。手术治疗对于顽固性扁桃体结石、保守治疗效果不佳者，可以考虑行扁桃体切除术。其他治疗小结石：可用刮匙或钳子取出，个别的可用负压吸引取出。大结石：在表面麻醉下切开黏膜取出，但需要防止结石坠入呼吸道。