医生通过询问病史和查体可以初步诊断肠套叠，通过钡剂灌肠X线检查、超声检查及CT等检查可以确诊。体格检查医生会通过触摸腹部，判断腹痛部位，有无腹部肿块及肿块位置、大小，初步了解病情。钡剂灌肠X线检查钡剂灌肠X线检查对诊断肠套叠有较高的价值。通过观察有无充盈缺损、肠套叠特征样改变，可帮助诊断疾病，确定病变部位。超声检查超声检查可以发现病变部位，准确率高而且无损伤，排除肠道其他疾病。CT检查成人肠套叠可以通过CT获得特异性征象而确诊，同时通过断层影像进一步了解肠套叠原因、病情等。小儿患者在灌肠失败或是需要进一步了解病变情况下也可以作CT检查。