胃肠功能紊乱的诊断原则是排除性诊断，医生一般根据病史、症状、血常规、血生化、消化系统肿瘤标志物、腹部超声、腹部CT、内镜检查、消化道动力检查等，排除器质性病变后，按照2016年国际专家工作组推出的功能性胃肠病罗马Ⅳ标准进行诊断。诊断标准如下：功能性消化不良存在以下1项或多项：餐后饱胀不适、早饱、中上腹痛、中上腹烧灼感症状。呈持续或反复发作的慢性过程（症状出现至少6个月，近3个月症状符合以上诊断标准）。排除可解释症状的器质性疾病（包括胃镜检查）。肠易激综合征诊断前至少6个月最近3个月内每周至少1天反复发作腹痛，且伴有以下两条或两条以上：与排便相关。发作时伴排便次数的改变。发作时伴排便性状的改变。