医生根据病史、典型症状、体格检查和各项辅助检查的结果可做出诊断。同时，还应对临床类型、严重程度、病情分期、是否有并发症等情况做出判断。诊断典型症状腹痛伴里急后重，持续或反复发作的腹泻、排黏液血便，按特异性肠炎治疗无效。全身表现及肠外表现辅助检查多次粪便常规检查及培养未发现病原体。X线钡灌肠。结肠镜检查。组织病理活检。分期分型按临床类型分分为初发型、慢性复发型、慢性持续型和重型。按病情程度分分为：轻度：腹泻每天3次以下，便血轻或无，无发热；中度：介于轻重度之间；重度：腹泻每天6次以上，脉搏在90次/分以上。按病变范围分分为直肠、直肠乙状结肠、左半结肠、和全结肠。按病情分期分为活动期和缓解期。