按照窦性心律失常的类型，选择不同的治疗方式。首要治疗主要是祛除诱因，如镇痛、控制感染，纠正贫血、改善心功能、控制甲状腺功能亢进、停用引起窦性心律失常的药物等。窦性心动过速：必要时可适当予以β受体阻滞剂，如倍他乐克或比索洛尔治疗。窦性心动过缓：无症状者无需治疗，因心率过慢出现心排出量不足，而应用阿托品等药物不佳时，应考虑心脏起搏治疗。窦性停博、窦房传导阻滞的治疗可参照病态窦房结综合征。若患者无心动过缓相关的症状，不必治疗，但应定期随访观察。对于有症状的病态窦房结综合征患者，应接受起搏器治疗。