胃肠炎主要使用药物治疗及对症治疗。药物治疗某些病原菌（如弯曲杆菌、志贺菌、霍乱弧菌等）感染者可使用抗生素。寄生虫感染所致胃肠炎需使用抗寄生虫药物。对症治疗呕吐患者要适量补充水分，不宜饮用碳酸饮料、茶、运动饮品、含咖啡因的饮料及果汁等液体。如果呕吐或腹泻持续时间较长或有严重脱水，有必要进行静脉补液。呕吐剧烈时可加用止吐药。如果腹泻持续时间超过24～48小时并且没有迹象表明有更严重的细菌感染，可加用止泻药。