医院前身为华东军区空军医疗队，1951年10月建院，是南京首批综合性三级甲等医院，是南京市城镇职工医保、居民医保定点医院，南京市急救中心分站，南京市劳动能力鉴定检查定点医院，省、市“三信三优”单位，省新农合省级联网医院，全军第二批宇航员遴选体检定点医院，全军交通医学研究所南京临床基地，东部战区临床航空医学研究所，东部战区创伤骨科中心，东部战区中医诊疗中心，东部战区心肺康复中心，东部战区糖尿病足诊疗中心，东部战区云计算实验中心，全国健康管理示范基地，安徽医科大学临床医院，陆军军医大学士官学院、南京医科大学、江苏大学医学院、皖南医学院、蚌埠医学院、吉林医药学院教学医院。

医院率先导入国际先进的质量管理体系并通过ISO9001-2000国际认证。